Bereits die ersten vornehmlich rasseideologischen Repressionen der nationalsozialistischen Regierung im Frühjahr 1933 trafen die Universitäten in Deutschland schwer. Heisenbergs Göttinger Lehrer Max Born, Richard Courant und James Franck mußten emigrieren, sein Leipziger Hauptassistent Felix Bloch verließ Leipzig; Schüler wie Rudolf Peierls und Eduard Teller, aber auch der Mathematiker Aurel Wintner oder Heisenbergs ehemaliger Assistent Guido Beck konnten nicht mehr zurückkehren. Ende 1933 richteten sich erste Angriffe aus Nazikreisen auch gegen Heisenberg selbst, weil er sich weigerte, eine Ergebenheitsadresse an Hitler zu unterzeichnen. Unverdrossen stellte er sich, vor allem mit Hund und van der Waerden in der Leipziger Fakultät, - freilich mit geringem Erfolg - gegen das erzwungene Ausscheiden von weiteren jüdischen Kollegen.

Nach der Vertreibung der Juden von deutschen Universitäten und Forschungsstätten griffen die Propagandisten einer <arischen Physik>, Philipp Lenard und Johannes Stark, Max Planck, Max v.Laue, Arnold Sommerfeld und vor allem Heisenberg an, als Vertreter einer <jüdischen>, <internationalistischen Physik>, namentlich von Relativitäts- und Quantentheorien.

Werner Heisenberg. Zeichnung von G. Fischer in den "Leipziger Neuesten Nachrichten".
Heisenberg setzte sich erfolgreich gegen gefährliche Verleumdungen zur Wehr, verlor aber den Kampf um die erstrebte Nachfolge seines Münchner Lehrers Sommerfeld. Die Bedingungen in Deutschland für die Fortsetzung einer erstklassigen Forschungsarbeit auf den neuen physikalischen Gebieten mit modernsten Geräten verschlechterten sich dramatisch, während die USA auf den meisten Gebieten die Führung übernahm.
Eine Anzahl verständnisvoller Kollegen - neben Hund, van der Waerden und Karl Friedrich Bonhoeffer etwa die Mitglieder seines Professorenkränzchens "Coronella"- half Heisenberg in dieser schweren Zeit, in der er mit Elisabeth Schumacher eine sich bald vergrößernde Familie gründete. Wenige Reisen zu Konferenzen im Ausland, aber auch sein immer noch internationales Leipziger Seminar erlaubten ihm den Kontakt zum Ausland. Im August 1939 kehrte er trotz großzügiger Angebote amerikanischer Universitäten aus den USA ins kriegsgerüstete Deutschland zurück, wo er im bayerischen Alpenvorland (Urfeld) ein Sommerhaus erworben hatte.
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